Gereja joglo yang dibangun Bapak Kardinal mampu menampung sekitar 600 orang. Dalam rentang waktu 20 tahun (1982-2002), jumlah umat Paroki Banyumanik bertambah 3.000 jiwa.
Mengingat jumlah umat yang semakin berkembang, disadari bahwa gereja joglo tidak lagi mampu menampung umat, maka mulai dipikirkan gedung gereja yang lebih besar yang mampu menampung sekitar 1.400 orang.
Pada zaman Rama Petrus Subyakto Pr sudah mulai dipikirkan gambar rancangan pengembangan gedung gereja joglo. Tahapan pengkajian ulang desain gedung gereja ditempuh melalui berbagai pendekatan, mulai dari kegiatan pertemuan, diskusi sampai seminar. Sebagai tindak lanjut, pada bulan Mei 2003, dibentuk panitia pembangunan gereja yang diketuai oleh Bapak Alb. Kriswadhono dengan koordinator pelaksana pembangunan Bapak A. Juddy Prasinto.
Pada tahap pertama, panitia membangun pastoran terlebih dahulu. Gedung pastoran diresmikan oleh Mgr. Ignatius Suharyo pada tanggal 23 November 2003.
Pada tahap kedua, dibangunlah gedung gereja. Peletakan batu pertama gereja dengan pondasi plat setempat dilakukan tepat pada jam 00.00 tanggal 15 Agustus 2004 oleh Rama BYL. Subagio Pr, Rama M. Sapta Margana Pr, Rama R. Triwijayanto Pr.
Pembangunan gereja yang baru mempertahankan gereja joglo dan menara, sekaligus diberi sentuhan unsur budaya Jawa. Hal itu tampak dari tabernakel yang berbentuk gunungan yang terbuat dari batu aras Wonosari. Gunungan sebagai simbol pohon kehidupan, dengan harapan orang akan mampu menghadapi rintangan dan mengandalkan serta mengarahkan diri kepada Tuhan.
Pada awalnya proses pembangunan sempat mandeg, kemudian dievaluasi dan dibentuk panitia pembangunan yang baru di bawah pimpinan Rama R. Triwijayanto Pr. Berbagai cara ditempuh panitia untuk menggalang dana, antara lain mengamen di Jakarta dan Semarang, pentas wayang orang dengan dukungan Paguyuban ARISTAB (Arisan dan Tabungan), menanam kangkung dan menjualnya, menjual rongsokan dan kaos, fund rising di Jakarta, malam keakraban dengan artis Lisa A. Ariyanto.
Dengan penuh semangat dan tidak mudah menyerah, panitia mengemban kepercayaan untuk membangun rumah Tuhan. Tuhan itu Maha Murah dan memberikan rejeki kepada umat Banyumanik. Gedung gereja yang baru itu diberkati oleh Mgr. Ignatius Suharyo pada tanggal 25 November 2007, dan kemudian diresmikan oleh Prof. Dr. Ir. Purnomo Yusgiantoro dan Drs. H. Ali Mufiz, MPA (Gubernur Jawa Tengah).
Pemberkatan dan peresmian gedung gereja yang baru tersebut menjadi puncak rangkaian HUT ke-25 (pesta perak) pada tahun 2007. Sebelumnya, sejak 20 September 2007 sudah diselenggarakan kegiatan yang bersifat liturgis (ziarah ke makam para rama, misa lansia, misa arwah, dsb) dan lomba-lomba (merangkai bunga, baca Kitab Suci, mazmur, desain pataka, menggambar, bazar, donor darah, dsb).